永正18年(1521年)9月、浦上村宗が赤松義村を暗殺して領国支配の実権を握り、西播磨･東備前をその掌中におさめると、これに反発する勢力は浪人となり、義村の子･才松丸(政村のち晴政)を擁して村宗と戦った。この頃、在田氏は多可郡の野間に本拠地を移しており、同地に本格的に野間城を築いてそこに拠っていた。在田氏は反村宗派に一味して浪人衆を引き入れ、野間は北播磨における反村宗派の拠点となった。
　享禄元年(1528年)、将軍･足利義晴は赤松政村およびその被官に播磨東西の和睦を図るように求めている。浦上村宗，在田源次郎にも御内書が出された。しかし、享禄2年，3年(1529,30年)の二度にわたって｢名城にありける有田｣の城が浦上村宗によって落された。が、4年(1531年)には村宗が摂津天王寺で討死したため、事なきを得た。
　天文7年(1538年)には、出雲国の戦国大名尼子氏が播磨に侵攻。国人の多くが赤松晴政に離反したため、晴政は淡路に逃走した。翌年、晴政は明石城を攻略、4月、印南郡神吉の常楽寺に陣した。このとき、在田氏は晴政を支援するため神吉へ参陣している。これらのことは在田村長の時代のことであったと思われる。

　永禄9年(1566年)8月、在田元長と国泰父子は連署して掟状を出し、多可荘内の普光寺の寺域を確定し、同寺の守護不入権を安堵したことが史料で確認される。また、年不詳だが、在田元長は、飾磨郡野里村金屋に鋳物師衆惣官職を安堵している。これは、小寺氏から黒田兵庫助利高を通じて元長に安堵状発給の依頼があり、それに応じたものだが在田氏が北播磨を制圧していたことがうかがえる。また、元長は野間殿と呼ばれており、野間が本拠地であったことが確認できる。
　在田氏が拠る野間城は、天正3年(1575年)、別所重棟に攻められ落城したと伝えられている。 この頃、別所氏は三木城主として近隣に勢力を拡大しており、在田氏は別所氏に属することを潔よしとせず、結果、別所氏に滅ぼされたものと思われる。