もとは穴師坐兵主神社,巻向坐若御魂神社,穴師大兵主神社の3社で室町時代に合祀された。現鎮座地は穴師大兵主神社があった場所である。 　
　穴師坐兵主神社は、垂仁天皇2年に倭姫命が天皇の御膳の守護神として祀ったとも、景行天皇が八千矛神(大国主)を兵主大神として祀ったともいわれる。祭神の｢兵主神｣は中殿に祀られ、鏡を神体とする。神社側では兵主神は御食津神であるとしているが、ほかに天鈿女命,素盞嗚尊,天富貴命,建御名方命,大己貴神の分身の伊豆戈命,大倭大国魂神とする説がある。
　巻向坐若御魂神社の祭神｢若御魂神｣は稲田姫命とされ、右社に祀られ、勾玉と鈴を神体とする。若御魂神については、和久産巣日神とする説もある。上記の2社は、859(貞観元)年にそれぞれ五位上(穴師坐兵主神社)、従五位上(巻向坐若御魂神社)の神階が授けられた。
　穴師大兵主神社の鎮座年代は不詳である。祭神の｢大兵主神｣は左社に祀られ、剣を神体とする。大兵主神の正体については、八千戈命(大国主),素盞嗚命,天鈿女命,天日槍命という説もある。
　中世頃から、穴師坐兵主神社が穴師上社、穴師大兵主神社が穴師下社と呼ばれるようになり、応仁の乱のときに若御魂神社と穴師上社の社殿が焼失したことから、この2社を穴師下社(大兵主神社)に合祀した。摂社として、野見宿禰を祀る相撲神社がある。