三河国三玄寺の住持であった伯庭和尚が当地に塔仙坊楞厳院という庵室を結んだ故地に、1596(慶長元)年、遠山利景が椽室和尚を開山として明知遠山一族の菩提寺を建立しした。釈迦如来を本尊とする。明智領内にある妙見寺や長楽寺,万勝寺,観音寺などを末寺としていた。
　龍護寺には寺宝として｢九条衣｣という明智光秀所有の直垂の布が縫い込まれた袈裟を所蔵している。また、境内には遠山利景以後の明知遠山氏累代の墓,明智光秀の御霊廟のほか、串原遠山氏の末裔である永田氏の墓,遠山氏初代の遠山景朝の伯父にあたる加藤光員とその一族の墓がある。