天武天皇が皇后(後の持統天皇)の病気平癒を祈願して､680年に建立に着手した。698年にはほぼ完成し衆僧を住まわせたとある。しかし、『続日本紀』701年6月条と7月条には、「造薬師寺司」のことが見えることから、工事は完成していなかったとも考えられる。
　遺構としては金堂跡と東西両塔跡に巨大な礎石が並んで残っており､奈良の薬師寺と同じ伽藍配置であったことがわかっている。平城遷都後､718(養老2)年に西ノ京へ移築された。国特別史跡に指定。