680(天武天皇9)年11月、天武天皇が皇后･鵜野讃良(後の持統天皇)の病気平癒を祈願して､建立に着手した。698(文武天皇2)年にはほぼ完成し衆僧を住まわせたとある。しかし、『続日本紀』701年6月条と7月条には、｢造薬師寺司｣のことが見えることから、この時点では工事は完成していなかったとも考えられる。
　遺構としては金堂跡と東西両塔跡に巨大な礎石が並んで残っており､平城遷都後の718(養老2)年に西ノ京へ移築された薬師寺にも、この｢薬師寺式伽藍配置｣は引き継がれている。国特別史跡に指定されている。