社伝によれば、1339(暦応2/延元4)年に足利尊氏が荒川に在城の際、饗庭御厨新田を造営し鎮守の神として一の宮,二の宮,三の宮の三社を祀ったのが始まりとされる。この地は二の宮として、尾張甚三郎が尊氏の命により山城国祇園八坂神社の分霊牛頭天王を請け祀った。甚三郎は神主を命じられ代々世襲して明治維新に至る。1872(明治5)年、村社に列した。