1664年(寛文4)年に旗本近藤貞用が中国僧の独湛禅師を招いて開創した黄檗宗の寺である。18年間、住職を務めた禅師は黄檗山萬福寺の第四代住職となりこの地を後にし、1706(宝永3)年、獅子林院にて入寂した。
　創建当時は七堂伽藍が整い、その建物の多くは鎖国時代にもかかわらず中国明朝風の建築様式であった。佛殿,方丈,山門,報恩堂等に当時の面影を残し、本尊釈迦三尊像や独湛禅師像をはじめ数多くの諸仏を祀り、佛殿,方丈は国の重要文化財に指定されている。
　佛殿(重文)は1667(寛文7)年に建立され、正面に本尊釈迦三尊像(釈迦如来，迦葉尊者，阿難尊者)左右の逗子に達磨大師像，武帝像、両側の壇上には二十四天の善神像を祀る。京都宇治萬福寺の諸仏像と同じ中国様式を伝える黄檗宗独特の諸像である。
　宝林寺は、金指近藤,気賀近藤両家の菩提寺として寺領百石を有し、黄檗禅の専門道場として、遠州地方の黄檗文化の中心部として栄えた。宝林寺東側の坂の上には金指近藤家墓所がある。