1065(治暦元)年、源頼義が前九年の役を平定して後、この地を訪れたときに当山に豊前国宇佐神宮を勧請して社殿を建てた(祭神は応神天皇)。本殿は間口一間,奥行一間の一間社流造、拝殿は間口二間,奥行二間の入母屋造である。以後、この山を宇佐山と呼ぶようになった。
　勧請以前の667(天智天皇6)年、天皇が大津の地に宮を定められた折り病気になられ、そのときに中臣金がここの井戸水を差し上げたところ平癒したとされ、この泉を｢金殿井｣といい、後世、この霊泉が疾病に効くとされた。また、宇佐八幡宮は子供の守神｢むし八幡｣(かんの虫封じの信仰)としても親しまれている。
　宇佐八幡宮の例祭は、古式に則って真夜中に行われることでも知られている。9月14日夕の神事から始まり、真夜中に神輿渡御が行われ、翌15日早朝からの神事の後、午後には二本松の御旅所などへ渡御して例祭を終える。
　なお、宇佐八幡宮を経て宇佐山山頂には宇佐山城跡がある。