創建年は定かではないが、もとは鳳来寺の末寺として天台宗であったとされたが、1318(文保2)年に日蓮の弟子･日印が京へ上る途中に立ち寄り、法華宗に改宗させたという。1384(元中元年/至徳元)年には日道が中興している。
　1547(天文16)年6月、大久保家の初代･大久保忠茂が長福寺に葬られて以来、大久保家の菩提寺となった(大久保家墓所)。