1051(永承6)年、日野資業が薬師如来を安置する堂を建てたのが法界寺の始まりとされている。薬師如来像の胎内には、資業から4代前の藤原家宗から代々伝わる伝教大師最澄自作の三寸の薬師像を納入したという。別の伝えでは、822(弘仁13)年に藤原家宗が最澄自作の薬師像を本尊とし、最澄を開山として一族の氏寺を建てたとする。
　その後、平安後期の阿弥陀信仰の高まりや末法思想の普及にともない、法界寺にも阿弥陀堂が建てられた。当時は幾つかの堂宇があり、少なくとも5体の丈六の阿弥陀如来像が存在したことがわかっている。
　浄土真宗の開祖である親鸞は、1173(承安3)年に法界寺で生まれたとされている。また、法界寺の近くには親鸞の生誕地にちなんで江戸時代に創建された日野誕生院がある。