鳥見山から南に派生する尾根の南端斜面を掘り込んで築造された古墳である。形状は方墳で一辺約24m,高さ約5mを測る。墳頂は少し平坦で墳丘上には葺石,埴輪は確認されていない。主体部の埋葬施設としては、両袖式の横穴式石室が構築されており南東方向に開口し、石室全長11.2m(天井石先端部まで)または13.7ｍ(推定羨道側壁先端部まで)を測る大型石室である。玄室長さは6.3ｍ,幅2.3m,高さ2.3m、羨道長さは6.3m,幅1.7m。石室には花崗岩の巨石の一部を加工した切石が使用され、その形態は岩屋山古墳と同様の特徴を有している。
　秋殿南古墳は、古墳時代終末期の7世紀前半(または7世紀初頭)頃の築造と推定される。同一尾根上では秋殿北古墳がある。