984(永観2)年、延暦寺の僧･戒算が夢告によって、延暦寺常行堂の本尊である阿弥陀如来を神楽岡東の東三条院詮子(一条天皇生母)の離宮に安置したのが始まりとされる。992(正暦3)年、一条天皇の勅許を得て本堂が創建されたという。不断念仏の道場として念仏行者や庶民、特に女性の信仰を得てきた。本尊の阿弥陀如来は｢頷きの阿弥陀｣とも呼ばれており、慈覚大師円仁が一刀三礼にて彫刻したもので、完成直前に｢比叡山の修行者の本尊となりたまえ｣と言って白毫を入れようとすると、阿弥陀像は首を三度横に振って拒否されたため、｢では京の都の民、中でも女人等を救いたまえ｣と言うと、阿弥陀像は三度頷かれたという伝説がある。
　1467(応仁元)年に始まった応仁の乱に巻き込まれ、堂塔は焼失したが、本尊は事前に避難させていたという。応仁の乱が終息すると、一条西洞院に寺地を改めるが、1484(文明16)年には旧地の神楽岡にもどり再建された。1493(明応2)年、本堂が完成。しかし、1569(永禄12)年、足利義昭の命により一条通北に移転し、さらに1587(天正15)年には、豊臣秀吉によって聚楽第建設のために京極今出川に移転となる。1604(慶長9)年、豊臣秀頼の寄進によって本堂が建立された。その後も本堂の焼失,再建があり、1693(元禄6)年、東山天皇の勅によって現在地に移転、再建され、1717(享保2)年に本堂が完成した。
　三井家の菩提寺で三井高利ら三井一族の墓石が並んでいる。