1615(元和元)年、江戸幕府に仕えていた天海が後陽成天皇から京都北白川に再建されていた法勝寺の建物を下賜されてこの地に建立した寺である。1655(明暦元)年には後水尾天皇から滋賀院の名を下賜され、江戸時代末期まで天台座主を勤めた皇族の寺院であったことから滋賀院門跡ともいわれている。
　1878(明治11)年、長大な建物は火災により焼失し、比叡山無動寺谷法曼院の建物3棟が移されて再建された。比叡山延暦寺の本坊(総里坊)である。広大な境内には、内仏殿,宸殿,二階書院,庫裏などが立ち並び、書院には狩野派の障壁画が数多く見られる。また、宸殿の西側に造られた庭園は小堀遠州作といわれ、国指定名勝となっている。このほかにも｢蹴鞠の庭｣と呼ばれる庭園や二階書院の庭園などもある。滋賀院門跡の石垣は各地の城の石垣を手がけた穴太衆によるものである。なお、滋賀院門跡の南西には1646(寛永23)年に徳川家光によって建てられた天海大僧正の廟所である慈眼堂がある。