創建年は定かではないが、平安時代、天台宗の僧･恵堯が師の恵心作の薬師如来を矢作の里の柳樹のもとに御堂を建てて納め、柳堂薬師寺と称したことが起源とされる。その後、1235(嘉禎元)年に当寺の別当･舜行が親鸞聖人の法弟となり、恵眼の法名を受け真宗大谷派に改めた。
　当寺は、松平宗家の松平広忠，家康，信康や石川日向守などの崇敬が厚く、特に17代住職･行誓の時には松平信康と関係が深く、信康の現存する唯一の肖像画など多くの遺品を所蔵している。