築造年は定かではないが、室町時代に原田庄一帯を治めていた原氏の本城として築かれた。原氏は藤原南家の工藤太夫為憲の子孫といわれ、鎌倉時代に原田庄に地頭として入り、最初は原里の寺田館に住居した。のちに本郷城へと移り室町時代に高藤城を築いたという。
　1494(明応3)年8月に今川氏親方の伊勢長氏(のちの北条早雲)が遠江三郡に侵攻し、高藤城が攻め落された。原氏は在地の土豪を巻き込みながらゲリラ戦を続け反抗したが、原氏に与した倉真城，美人ヶ谷城，滝ノ谷城などが制圧され、3年後の1497(明応6)年秋には原氏も没落した。その後、原六郎頼郷は今川氏に仕え、今川氏没落後には武田氏に仕えて各和城に在番したが、最後は徳川氏に攻め落され、遠江を去ったという。
　高藤城は標高112m,比高80mの丘陵上に築かれ、城域は東西約300mと広く、三段の本曲輪の四方に曲輪を持ち、南側には堀切を隔てて馬出し状の曲輪があった。本曲輪の東西にそれぞれ広い曲輪があり、本曲輪と西曲輪の間には幅28m,深さ13mの大堀切があったとされる。
　現在はゴルフ場(静岡よみうりカントリークラブ)の開発によって遺構は完全に消滅している。