豊川下流の沖積低地に位置する径200ｍにわたる弥生時代中期～古墳時代初期の大集落跡と推定されている。平地式住居跡のほかに大小の80余の竪穴群と住居址が検出され、一部に鳥,獣,魚の骨を含む貝塚も存在した。遺物として様々な型式の土器,鍬や踏鋤などの木製農耕具,大陸系の磨製石器などがあり、黒く炭化した籾も発見されたことから稲作が行われていたことが確認されている。漁撈と狩猟のほかに農耕を営んだ定住生活を示す遺跡として価値が高い。
　瓜郷遺跡が発見された当時は、日本ではじめて稲作が行われた弥生時代について明らかになってきた頃で、静岡県の登呂遺跡とともに弥生時代研究のきっかけにもなった。1953(昭和28)年に国の史跡に指定されている。