672年7月1日、壬申の乱において美濃不破へ攻め上がってきた近江朝軍(大友皇子側)と不破の野上に本営を置いた大海人皇子軍との玉倉部邑での戦いで、兵士の流血が川底の岩石を黒く染めたことから、この名が付いた。
　黒血川は関ヶ原町山中集落の北西の城山南麓から発する延長約2.5kmの小河川であるが、川底が深く軍事上の要所となった。壬申の乱では西岸に大友皇子軍、東岸に大海人皇子軍が布陣し、激戦となった。この玉倉部邑の戦いが壬申の乱の最初の戦いとなる。その後、大友軍では内紛が生じ、美濃への侵攻の足並みが乱れ、停滞してしまう。