設置時期には諸説あり、1602～04(慶長7～9)年、またはそれ以前とも大坂の陣の頃ともいわれる。1623(元和9)年には本格的な関所が置かれた。中山道にあった関所の一つではあるが、東海道の新居(今切)関所，箱根関所、中山道の碓氷関所と並び、四大関所ともいわれ、特に、｢入鉄炮出女｣の検閲は新居関所並みに厳しかったとされる。
　福島関所は、木曾谷のほぼ中央、駒ヶ岳の北支脈が木曽川に迫る突端の根の井山(関山)麓の崖上に所在する。関所管理者は山村甚兵衛家、管理者身分が尾張藩木曾代官であった。木曾路は山間の脇路が多いこともあり、福島関所を補った贄川の添番所があったが、ここも管理者は山村甚兵衛とされていた。
　1867(慶応3)年、明治の政変により、関所は｢入鉄炮出女｣が緩和された。その後、大政奉還に伴い関所の警衛を厳しくするよう命じられていた。1869(明治2)年、廃関の令によって木曽福島関所を含む全国の関所が廃止された。
　福島関所跡は、1688(寛文8)年頃の古絵図や2次にわたる発掘調査により、番所敷地及び諸施設(番所･門･塀･棚など)の配置が確認されたている。1979(昭和54)年には、｢江戸幕府の交通政策史上における遺構として極めて重要なものとして、旧中山道に接する家中屋敷部分を含め関所跡｣として｢福島関跡｣の名称で国の史跡に指定された。福島関所に関する資料は福島関所資料館で展示されている。