1889(明治22)年6月22日、明治天皇の意向で後醍醐天皇を祀る官幣中社･吉野宮の創建が決定され、1892(明治25)年に社殿が竣工して、吉水神社から後醍醐天皇像を移して遷座祭が斎行された。
　南朝の後村上天皇は、父の後醍醐天皇が1339(延元4)年に崩御した後、その像を吉野･吉水院に安置し、以降は仏教式の供養が行われていた。明治時代に入って神仏分離が行われると、1873(明治6)年、吉水院は後醍醐天皇を祭神とする後醍醐天皇社という神社に改められ、2年後に吉水神社と改称した。この時、太政官政府は官費(国費)で後醍醐天皇を祭神とする別の神社を創建する考えを表明したが、そのまま棚上げとなり、明治天皇の決断まで時が流れた。
　1901(明治34)年8月8日には官幣大社に昇格し、1918(大正7)年に吉野神宮に改称された。1923(大正12)年には境内が拡張され、1927(昭和2)年に現･本殿が上棟、祝詞舎が完成する。翌1928(昭和3)年、現･拝殿が竣工する。さらに、1929(昭和4)年には神門、1930(昭和5)年には大鳥居が竣工する。本殿･拝殿･神門はかつて後醍醐天皇が京都の御所への帰還を熱望していた心情を汲んで、京都の方角を向き、北向きに建てられている。総檜造で近代神社建築の代表とされる。1948(昭和23)年、神社本庁の別表神社に加列されている。
　なお、吉野神宮付近は丈六平といわれ、1333(元弘3/正慶2)年、鎌倉幕府方の二階堂道蘊(貞藤)が吉野城を攻めたときには、ここを陣地としたとされる。