1570(元亀元)年、姉川の合戦時、三田村氏館には越前から援軍として駆けつけた朝倉景建軍の本陣が置かれ、徳川家康軍と対峙して戦端が開かれたとされている。三田村氏館の最後の城主である三田村左衛門は合戦の際には横山城の城守を務めていたとされるが、信長の進行により小谷城に撤退した。合戦後、三田村左衛門は小谷城中ノ丸に篭もっていたが、1573(天正元)年8月の小谷城落城の際に秀吉を通じて信長に降るも容れられず、一族とともに処刑された。