1570年代前半に武田氏が東濃侵攻した際に、武田氏の一族である若尾氏が最前線の拠点として根本城を築城した。そして、1584(天正12)年、森長可に仕えた若尾甚正元昌は山麓に若尾氏の菩提寺である元昌寺が建てた。開山は絶同和尚であるとされる。
　境内には三基の宝篋印塔(多治見市指定文化財)があり、これらは若尾氏の先祖の墓にあたると伝えられている。三基の宝篋印塔のうち、一基には1393(明徳4)年、別の一基には1414(応永21)年の銘が刻まれている。また、如意輪観音像をはじめとする多くの石仏が境内には並んでおり、西国三十三所を模したものであるとされる。