築城年代は定かではないが､大永年間(1521～28年)に佐々木六角氏の命により高野瀬隆重によって築かれたとされる。 高野瀬氏は高野瀬城を居城としていたが、肥田城も高野瀬氏の城となった。
　1559(永禄2)年､高野瀬秀隆の代に浅井氏に通じたことから、六角定頼,義賢父子の攻撃を受けることになる。しかし、城の守りは堅固で、義賢は城の周囲に土塁を築いて宇曾川,愛知川の水を入れて水攻めを策したが、堤防が決壊してしまい失敗に終わった。
　その後も義賢は大軍を繰り出して攻略を試みたが、肥田城側も小谷城の援軍を得て、ついに野良田表での激戦の末、浅井方が勝利し犬上,愛知の二郡は浅井氏の手に属することとなった。
　その後、1569(永禄12)年、織田軍に敗れて開城し、1574(天正2)年には柴田勝家の越前一向一揆鎮圧に従軍した高野瀬秀隆,隆景父子が越前安居における戦いにて討死すると、信長の家臣蜂屋頼隆が入城、ついで1583(天正11)年には長谷川秀一は入城した。しかし、秀一が文禄の役で朝鮮にて病没したため、やがて廃城となったと思われる。
　現在は市街地や水田となって遺構のほとんどは残っていないが、土塁と水路となった堀跡が東側と南側に残されている。また城址碑が崇徳寺の西に建てられている。