真宗大谷派(東本願寺)の寺院、別名は長浜御坊,長浜別院。1602(慶長7)年、本願寺第12代教如を開基として長浜城内に創建され、長浜御堂と呼ばれた。寺伝によれば、入母屋造りの本堂(阿弥陀堂)と書院造りの大広間(附玄関)は、伏見城の建物を徳川家康から寄進されたもの。台所門(薬医門)は長浜城の追手門を移築したもので、門扉には本能寺の変に呼応した京極軍による矢や銃弾の痕が残されている。その後、承応年間(1652～54年)に井伊直孝の土地寄進によって現在の地に移建された。山門は東本願寺の山門を模した上層部,下層部のある二重門で、1808(文化5)年から4年をかけて建立された。　
　含山軒庭園,蘭亭庭園(国の名勝)は大通寺第5代住職・横超院の時代に作庭されたもので、含山軒庭園は、伊吹山を借景とした鑑賞式枯山水で、｢含山｣は伊吹山を庭に取り込んだことを表し、亀島を配して伊吹山から枯滝に水が注いで見えるよう設計されている。蘭亭庭園は、長い池を配して奥には築山を築いた枯滝と石組みを使った池泉庭園である。また、客室(含山軒,蘭亭)内部の障壁は、狩野山楽,狩野山雪,円山応挙によって描かれている。
　なお、大老となった井伊直弼の七女･砂千代が大通寺の養女となっている。