祭神は、武甕槌命,姫大神,経津主命,天児屋根命。 乙木集落の北端に鎮座する。創建時期は定かではないが、768(神護景雲2)年の春日神社(春日大社)創建以降と考えられる。乙木には元は夜都伎神社と春日神社の2社があったが、夜都伎神社の社地を約400m東南の竹之内の三間塚池と交換し、乙木は春日神社1社のみとして社名を夜都伎神社に改めた。乙木村は、古くは興福寺大乗院及び春日大社領の乙木荘で、そのため春日大神を当地に勧請したものとみられる。約200m北に東乗鞍古墳、約300m北西に西乗鞍古墳があり、当地も宮山(たいこ山)と呼ばれ、古墳を削平して神社を造営したと言われている。
　春日大社との関係が深く、江戸時代末期まで｢蓮の御供｣という神饌を献上していた。春日大社からは、古くなった社殿と鳥居を60年毎に夜都岐神社に下賜されるのが伝統となっている。現在の本殿は1906(明治39)年に春日大社から移された建物であり、鳥居は1848(嘉永元)年4月に奈良若宮から下げられたものという。また、拝殿は萱葺でこの地方では珍しい神社建築である。