現在の山門がある場所の前には、夷堂と呼ばれる堂があった。この夷堂は、源頼朝が鎌倉幕府の開幕の際に、幕府の裏鬼門(南西)にあたる方向の鎮守として建てたとされ、天台宗系のものであった。1274(文永11)年に佐渡配流から帰った日蓮が一時、この夷堂に滞在し辻説法などの拠点としていた。その後、1436(永享8)年、一乗院日出が日蓮にゆかりの夷堂を天台宗から日蓮宗に改め本覚寺を創建したという。 後に身延山を再興した第2世の行学院日朝は、身延山への参詣が困難な老人や女性のために、身延山より日蓮の遺骨を分骨して本覚寺に納めた。本覚寺が｢東身延｣と呼ばれる所以である。
　境内の主な伽藍は、大半が近代になってからの創建である。現存する建物の中でもっとも古いのは山門(仁王門)で江戸時代の創建、本堂は大正時代の創建である。夷堂は1981(昭和56)年)に再建されている。