1584(天正12)年4月9日、色金山に兵を進めていた徳川家康に、先遣隊の大須賀康高，榊原康政らが白山林の戦いでの三好信吉(のちの豊臣秀次)軍を撃退したこと、しかしその後、桧ヶ根の戦いで堀秀政軍に敗れて敗走し始めたとの知らせが入った。家康は直ちに救援を決め、秀吉方先鋒の池田恒興隊，第2陣の森長可隊の様子を窺いながら、ここ御旗山に進軍して頂上に金扇の馬標を立てた。徳川方先遣隊を追撃していた堀軍は、御旗山の金扇の馬標を見て追撃をやめたという。結果的に池田隊と森隊は孤立状態となる。
　御旗山は後年、地元の人々によって富士浅間神社が祀られるようになり、富士が根とも呼ばれるようになった。