武内宿禰による創建と伝えられる。『日本三代実録』貞観元(859)年正月27日条に従五位下甘樫神に従五位上の神階を授けるという記述がある。延喜式神名帳には｢大和国高市郡甘樫坐神社四座｣と記載され、大社に列格、月次,相嘗,新嘗の奉幣に預ると記されている。推古天皇を主祭神とするが、元々の祭神は八十禍津日神,大禍津日神,神直日神,大直日神であり、江戸時代以降に推古天皇を主祭神とした。
　甘樫丘は古代、盟神探湯が行われたという地であり、中世の『五郡神社記』にも当社のことが｢湯起請の神｣と記されている。これらのことに因み、毎年4月、境内にある｢立石｣の前に釜を据え、嘘偽りを正し爽やかに暮らしたいという願いを込め、豊浦，雷大字が氏子となって｢盟神探湯神事｣としてその形を保存・継承している。｢立石｣と呼ばれる謎の石はこの豊浦のほかに、村内の岡,上尾,立部,小原などにも残っている。