1503(文亀3)年、折戸城の丹羽氏員が新たに築いた城とされる。その後、丹羽氏興,氏清と3代36年間在城し、松平氏に属していた。しかし、1535(天文4)年に松平清康が森山崩れで死去すると、1538(天文7)年、丹羽氏清は松平氏が撤退した岩崎城を改修し居城とした。本郷城には丹羽氏清の弟･左馬允がしばらく在城したとされるが、やがて廃城となった。
　城は現在のＮＴＴドコモの中継所の鉄塔が建つ辺りとされ、東西約37m,南北約38mの平城で周辺に土塁が巡らされていた。