社名には諸説ある。日本武尊の東征の際に｢幡頭｣を努めた建稲種命(宮簀媛の兄)を祭神として羽豆としたという説がある。また、地形が弓矢の筈に似ているため名付けられたともいわれる。さらに、古代南方系海人の信仰であり湾の西方の神である｢泊頭の神｣から由来するとも。飛鳥時代に創建されたとされる。
　元亨年間(1312～13年)には熱田大宮司藤原摂津守親昌が羽豆岬に羽豆崎城を築き、以降、藤原昌能による修復寄進,宗良親王による奉幣はじめ蜂屋光経,千賀重親らによって造営,修復が繰り返されてきた。江戸時代には幡頭崎八幡宮と称していた。1872(明治5)年に郷社に指定された。
　本殿は大きな鞘堂に納められ、境内左右には沢山の境内社が祀られている。ウバメガシを主とする｢羽豆神社の社叢｣は国の天然記念物に指定されている。また、1408(応永15)年に三河守護の一色満範(道範)が羽豆神社に施入した紺紙金字妙法蓮花経及び心阿弥陀経は、県指定文化財に指定されている。