創建年代は定かではないが、飛鳥時代に推古天皇の勅願により厩戸皇子(聖徳太子)が建立した四天王寺4ヶ所の一つという伝承がある。このほかにも国分寺説や弘仁期(810～824年)以前建立説など諸説ある。1062(康平5)年の古文書によれば、安濃郡内に総計約180町歩の寺領を有し勢力を誇っていたという。その後、兵乱によって厩戸皇子建立と伝えられる堂宇はじめ多くを焼失した。また、再建後も1945(昭和20)年7月28日の空襲で総門,中雀門,鐘楼以外はほとんど焼失した。本堂と庫裏は戦後の再建である。
　薬師如来座像など国の重要文化財を有するほか、境内には織田信長の生母でもある土田御前墓所,藤堂高虎室久芳院墓所,富田知信の子の千代丸墓所などがある。