正式名称は｢兵主神社｣で、｢兵主大社｣は通称である。｢兵主｣の神を祀る神社のうち名神大社は当社と大和国穴師坐兵主神社,壱岐国兵主神社のみである。
　社伝｢兵主大明神縁起｣によれば、景行天皇58年、天皇は皇子･稲背入彦命に命じて大和国穴師(現･穴師坐兵主神社)に八千矛神を祀らせ、これを｢兵主大神｣と称して崇敬した。近江国･高穴穂宮への遷都に伴い、稲背入彦命は宮に近い穴太に社地を定めて遷座した。718(養老2)年、播磨別らが琵琶湖を渡って東に移住する際、再び遷座して現在地に社殿を造営し鎮座したと伝えられ、以降、播磨別の子孫が神職を世襲している。
　1180(治承4)年、正一位勲八等兵主大神宮の勅額が贈られている。
　中世には、｢兵主｣を｢つわものぬし｣と読むことより、武士からの厚い信仰を得た。源頼朝による神宝の寄進のほか、楼門(県指定文化財:1550年再建)の造営は足利尊氏によるという。また、江戸時代には、徳川将軍家からも社領の寄進を受けている。
　平安時代後期に作庭されたとされる池泉回遊式庭園は、国の名勝に指定されている。下記の国重要文化財のほかにも、滋賀県指定,野洲市指定の文化財を多数有する。