欽明天皇(532～571年)の時代の創建とされる。神功皇后が三韓征伐の帰途、この地において幾万代まで天下泰平民万人を守ろうとの御誓願を立てたと伝わる。地名も万代(もず)に由来するとされる。主祭神は応神天皇、配祀神に神功皇后,仲哀天皇,住吉大神,春日大神。
　729(天平元)年、行基によって境内に神宮寺として万代寺が建立され、百舌鳥八幡宮の奥の院となった。のちに神宮寺･重楽院も建立された。また、応神天皇の御廟は誉田御廟山古墳ではなく､当社のすぐ西にある御廟山古墳こそが真陵という説により、御廟山古墳も当社の奥の院とされた。
　平安時代には僧坊48ヶ寺、社家360人、神領寺領八百町歩を擁する寺院となるが、1158(保元3)年時点では石清水八幡宮の別宮となっている。戦国時代や大坂夏の陣などで荒廃したが、大坂城代は交代する度に当社に参拝していたという。
　明治時代になると神仏分離によって万代寺とは分離し、重楽院は廃寺となった。また、府社に列せられている。
　現在の社殿は本殿が1726(享保11)年、拝殿が1830(文政13)年の建立で、1971(昭和46)年に改修された。境内の中には大阪府の天然記念物に指定されている樹齢約800年の巨大なクスが茂る。