1872(明治5)年2月12日、神祇省の役人によって鎮座祭が行なわれた。これは、後醍醐天皇の第四皇子で南北朝時代に征東将軍として関東各地を転戦した宗良親王が同所滞在中、領主の井伊道政と子の井伊高顕に助けられたとの伝承から、末裔の井伊直憲(彦根藩知事)が井伊谷に親王を祀る神社創建を出願し、明治天皇より勅許が下されたものである。1385(元中2)年8月10日に井伊谷で薨去したとされる宗良親王の墳墓が社殿の背後がある。なお、墓所とされるものは、長野県大鹿村大河原釜沢の宝篋印塔や美濃国恵那郡高山にも伝わる。
　また、摂社である井伊社には井伊道政と井伊高顕が祭神として祀られている。