1612(慶長17)年、吉田藩2代藩主･松平忠清の弟の松平清昌によって築かれた。忠清は同年4月、28歳の若さで嗣子なく急死したため除封となったが、忠清の母が久松俊勝の娘で徳川家康の異父妹にあたることや、これまでの竹谷松平氏の功績も考慮され、弟の清昌は竹谷松平氏の名跡を継ぐことを許されるとともに三河国宝飯郡内11ヵ村5,000石が与えられ、交代寄合の旗本となった。以降、明治維新まで12代にわたって存続した。
　陣屋は蒲形城跡の南東側に新たに築かれ、陣屋の中心部は約130m四方で御殿や役所が存在し、家臣団の屋敷や蔵などを有する大規模な陣屋であった。敷地の南西面は堀,土塁で防御され、現在も西面に土塁が残されている。また、陣屋の大手門と伝えられる高麗門が蒲郡市博物館に復元移築されている。