飛鳥時代に厩戸皇子(聖徳太子)が三河を訪れた際、赤坂上宮という所に太子を祀る堂宇(太子堂)を建てたことが始まりとされる。
　平安時代初期、万巻上人が箱根神社再建の勅許を得るため上京したが、その帰途に病となり太子堂にて療養したが、816(弘仁7)年10月2日死去した。上人の弟子らは、太子堂を改築して上人を開基とし、天台宗寺院として開山した。
　鎌倉時代初期には、源範頼の息子･範円が太子堂に居住する。1232(貞永元)年9月1日、親鸞上人が関東から帰京する際、聖徳太子像を拝むため太子堂を訪れたが、このとき範円は親鸞に教化されて弟子となり、名を了信坊とし、寺を太子山上宮院正法寺に改めて天台宗から浄土真宗に改宗した。
　宝徳年間(1449～51年)に現在地に移転したが、明応年間(1492～1500年)に本堂が焼失した。現在残っている本堂は、1860(万延元)年に改築されたもので、豊川稲荷の造営に携わった立川和四郎(宮坂昌敬)が手掛けている。長い歴史の中で絵画から彫刻,工芸品など様々な寺宝があり、鎌倉時代に製作された絹本著色釈迦如来像が愛知県指定文化財に指定されているほか、多くが豊川市指定文化財(写真参照)となっている。また、境内のワビスケ(織田有楽斎ゆかりの有楽椿)、イヌマキ(雌雄)が豊川市指定天然記念物にそれぞれ指定されている。墓地には村落争いで身代わりになって刑死したという小木曽源七の墓がある。