築城年代は定かではない。初代城主は梶金平信勝とされる。以後、6代続いたが、1536(天文5)年7代の与吉郎信家のときに足利勢に攻められて落城したという。その後、本多忠知の居城となったが、1571(元亀2)年に武田軍の三河侵攻に敗れた。忠知は無住となった青松庵に逃れ、名を円教と改めて仏門に入った。青松庵を改修して等順寺を建立し、代々この寺の住職して今日まで続いている。
　孫根城は巴川とその支流が大きく蛇行して半島状に伸びた標高390m,比高50mの丘陵に築かれている。丘陵の最高所に本丸を置き、そこから南へ伸びた尾根に段曲輪と堀切を配している。北は尾根が続いているものの、切岸下を横堀状に削っているのみである。