1450(宝徳2)年、土岐家守護代家として事実上美濃国を支配していた斎藤妙椿が妙覚寺から世尊院日範を招き建立した。斎藤道三，義龍，龍興の斎藤氏3代の菩提寺として知られる。本尊は三宝尊。
　斎藤道三は、妙覚寺の僧だった父･長井新左衛門尉の美濃国に築いた地位を基盤として美濃国主となり、この寺に寺領を与え保護し発展させた。斎藤道三と長井新左衛門尉が2代にわたり、美濃国を制する拠点とした寺である。
　1556(弘治2)年、道三が嫡子･斉藤義龍に長良川の戦いで討たれると、その遺体は当初崇福寺の西南に埋葬されたが、建てられた塚は長良川が洪水でたびたび流されたため、1837(天保8)年、常在寺の第27世･日椿上人が長良福光に道三塚を建てた。また、常在寺には道三の供養塔と道三像(重文)，位牌がある。