創建年は定かではないが、社伝によれば、景行天皇14年、武内宿禰が稲葉山北西の椿原(現在の岐阜公園内の丸山)に五十瓊敷入彦命を祀ったのに始まるとされる。1539(天文8)年、斎藤道三が稲葉山に稲葉山城を築城するにあたり、現在地に遷座した。この際、その地にあった物部十千根命を祀る物部神社を合祀し、稲葉山城の鎮守とした。
　五十瓊敷入彦命は朝廷の命により奥州を平定したが、五十瓊敷入彦命の成功を妬んだ陸奥守豊益の讒言により、朝敵とされて現在の伊奈波神社の地で討たれたという。五十瓊敷入彦命を主祭神とし、妃の淳熨斗媛命，母の日葉酢媛命，外祖父の彦多都彦命(稲葉国造の祖)，臣下の物部十千根命を配祀する。これらの神を伊奈波大神と総称する。
　1891(明治24)年の濃尾地震により殿宇を悉く焼失したが、翌年には本殿が復興され、そののち1929(昭和4)年から1940(昭和15)年にかけて現在の社殿が建造された。
一の鳥居，二の鳥居をくぐり進むと、神橋，楼門，拝殿，本殿へと達する。途中の参道脇に左側に伊奈波大黒社、右側に楓稲荷神社，和歌三神社，須佐之男神社，天満宮，福徳黒龍神社などが並ぶ。また、石造狛犬，獅子頭は岐阜県指定重要文化財となっている。