1565(永禄8)年、稲葉良通は北東約600mの清水古城を攻め落とし、その山城の石垣を壊して、現位置に平城として内堀，外堀を巡らした清水城を築いた。一鉄(1574年に入道して一鉄を号す)は、1579(天正7)年に家督と居城･曽根城を嫡子の貞通に譲り、清水城へ移った。その後、子の稲葉重通，孫の通重と続くが、1607(慶長12)年に通重は改易となっている。
　清水小学校の東側には、当時の石垣が残されている。正門近くのはなのき(ハナカエデ)は良通が築城時に植えたとされる。また、城跡北側の民家には城の表門が移築されている。