887(仁和3)年、宇多天皇の病気平癒のために尚侍の藤原淑子が東山三十六峰の第十五峰目にある椿ヶ峰に、医薬の神である少彦名命を祀ったのが当社の始まりである。主祭神は少彦名命のほか、のちに応神天皇，菅原道真を合祀している。当社は椿峰山天神と呼ばれていたが、寛仁年間(1017～21年)に椿ヶ峰から現在地の鹿ケ谷へと遷された。以来、この地域一帯の産土神として祀られている。南北朝の戦いや応仁の乱で焼失するが、その都度再建されている。狛犬ではなく鼠の像があることで有名である。近くに哲学の道が通っている。