1160(永暦元)年、後白河法皇が禅林寺(永観堂)の鎮守として熊野権現を勧請したことに始まる。社名は天照皇大神の別名･若一王子から採られた。主祭神は国常立神，伊佐那岐神，伊佐那美神，天照皇大神。熊野詣を行うにあたり、修験者はまず当社で身を浄めてから出発したという。熊野御幸の起点でもある。京都には京都三熊野といわれる神社があり、それぞれ新熊野神社は熊野本宮大社、熊野神社は熊野速玉大社、熊野若王子神社は熊野那智大社というように熊野三山に対応している。
　室町時代には足利尊氏、1465(寛正6)年3月には足利義政がこの地で花見をし、宴を開いている。また、室町幕府や武家からの信仰を集めた。応仁の乱によって荒廃したが、豊臣秀吉により再興されている。
　本殿は本宮･新宮･那智･若宮の4社で構成されていたが、現在の本殿は1978(昭和53)年に一社相殿にまとめられている。また、京都府で最も古いナギの大木(樹齢400余年)がある。
　なお、当社の南側の裏山(神社から約450ｍ･20分)には同志社創立者の新島襄とその妻･八重(旧姓･山本)の墓がある。