築城年代は定かではないが、室町時代初期に管領細川氏重臣の奈良元安が、宇多津聖通寺城の支城として亀山に築いたのがはじまりとされる。その後、1597(慶長2)年に讃岐一国の領主となった生駒親正が高松城の支城として築城に着手し、6年の歳月をかけ、1602(慶長7)年にほぼ現在の城郭が完成した。1615(元和元)年の一国一城令により破却の危機にさらされるが、時の藩主・生駒正俊の機転で破却を免れた。
　1640(寛永17)年、生駒騒動の仕置きで高松城主生駒高俊が出羽国矢島へ転封となると、翌年、肥後国富岡より山崎家治が丸亀藩5万石で入封。しかし、三代で嗣子なく改易となった。山崎氏に代わって播磨国龍野より京極高知が六万石で入封、この京極氏の時代に丸亀城が完成した。以後、5万1千石余りの大名として明治に至る。
　丸亀城は標高66.5mの亀山を中心として築かれた平山城で、北に大手、南を搦手として山頂西側に本丸、東に二の丸、それを取り巻くように三ノ丸、さらに山下曲輪を配し内堀を巡らせている。大手の北側は石垣が中心であるが、南の搦手は土塁が中心で門跡の部分のみ石垣を用いている。三ノ丸,二ノ丸,本丸は総石垣で、三ノ丸の北西隅は屏風折れの高石垣になっている。天守が現存する他、大手一ノ門,二ノ門,番所,長屋,藩主玄関先御門,土塀が現存している。