築城年代は定かではないが、応仁年間(1467～69年)に奈良元安によって築かれた。
　1582(天正10)年、長宗我部元親が1万2千の軍勢で攻めかかると、奈良氏は城を捨てて阿波国勝瑞城の十河存保を頼り敗走した。その後、1585年(天正13)年の羽柴秀吉による四国攻めで元親は降伏し、讃岐には仙石秀久,尾藤知宣が入るが、戸次川合戦の敗戦により両人とも失脚する。
　1587年(天正15)年、生駒親正が17万6千石で讃岐に入封し、当初は引田城を拠点としたが讃岐の東に偏っていたため、同年中に聖通寺城に本拠を移した。さらに、1588年(天正16)年、高松城を築城し居を移すことで、聖通寺城は廃城となった。
　常盤公園がある北側の山が城跡で、山頂には｢平山城｣の石碑と聖通寺山古墳(積石塚古墳)がある。一方、出丸であった南側の山頂には｢聖通寺山城｣の石碑があり、その中峰に本丸を置いていたという。現在は、公園,鉄塔,道路などが建設されており、遺構を確認することは難しい。