築城年は定かではないが、応仁の乱後、六角高頼に対抗するために幕府が送り込んだ佐々木正尭が清水城を築いて籠城したといい、これが箕作山城の前身ともいわれている。
　1568(永禄11)年、織田信長が六角氏の観音寺城を攻めたとき、六角氏は箕作山城に建部源八郎と吉田出雲を入れて守りを固めたが、佐久間信盛や木下藤吉郎などが攻めかかり城は落城、六角父子は夜陰に紛れて甲賀へ逃れたとされる。
城は観音寺城の南東にある標高324.8mの山頂(標高372mの箕作山ではない)に築かれており、主郭には現在鉄塔が建ち、城の遺構は判別しにくい。