飛鳥時代後期から室町時代にかけて存在した寺院の遺跡。668年に天智天皇の命により大津京の鎮護のために大津宮の北西の山中に建立された。延暦年間に十大寺に選ばれるなど栄えたが、度重なる火災に遭遇し、1057(天喜5)年には再興され、一時園城寺に付嘱したものの山門寺門の抗争に巻き込まれるなどして、やがて荒廃し室町時代には廃寺となった。
　崇福寺跡は3つの尾根に主要建物跡が存在する。北尾根の金堂(弥勒堂),講堂、中尾根の小金堂,三重塔が崇福寺の遺跡であり、南尾根の建物跡は梵釈寺(桓武天皇が天智天皇追慕のために建立)の遺跡と考えられている。
　1938(昭和13)年の発掘調査において、三重塔跡の塔心礎から納置品が発見された。納置品のうち仏舎利を納める舎利容器は、四方に格狭間のある台を付けた金銅製の外箱、銀製の中箱、金製の内箱の三重の箱に納められ、金製内箱の内側には瑠璃壺と三粒の舎利が収納されていた。周辺出土品含め、｢崇福寺塔心礎納置品｣として一括して国宝に指定されている。