築城年は定かではないが、大草松平家7代の松平石見守康安によって築かれたとされる。大草松平家は4代目の昌久の時に起きた三河一向一揆で一揆側に付き、所領を没収されて一族流浪の身となったが、康安のとき家康の嫡子･松平信康に仕えた。その後、石川数正に属して足軽として活躍し、1568年の二俣城攻略や1575年の長篠設楽ヶ原の戦いにも参戦している。江戸時代に入ると、6000石を徳川秀忠より賜り、駿河大納言･徳川忠長付きとなるが、忠長が乱行を理由に1633(寛永10)年に改易,切腹となった際に連座して所領を公収された。この時期に伊賀城も破却されたと考えられる。
　現在、城跡は明願寺に変わり、茶室の西側,北側に曲輪跡とみられる平坦地があるが、明確な遺構は残されていない。
　なお、伊賀城のすぐ南には伊賀八幡宮が鎮座している。