1625(寛永2)年、3代将軍･徳川家光が開基となり天台宗の僧･南光坊天海を開山として建立された寺院である(本坊が建立された年を創立年としている)。創建当時の年号をとって｢寛永寺｣とすることを許され、京の都の鬼門(北東)を守る比叡山にならい、｢東の比叡山｣という意味で山号を｢東叡山｣とした。徳川将軍家の祈祷所･菩提寺であり、徳川歴代将軍15人のうち6人(家綱，綱吉，吉宗，家治，家斉，家定)が寛永寺に眠る。
　寛永寺の伽藍は延暦寺の様式に準じて造営され、1627(寛永4)年には法華堂，常行堂，多宝塔，輪蔵，東照宮などが、1631(寛永8)年には清水観音堂，五重塔が完成し、根本中堂の建設は5代将軍･徳川綱吉の時代、1697(元禄10)年7月1日に柳沢吉保が惣奉行を拝命し開始され、翌年8月11日に上棟式が行われ落成した。
　17世紀半ばからは皇族が歴代住職を務めて朝廷との繋がりが深かった。日光山，比叡山をも管轄する天台宗の本山として近世には強大な権勢を誇ったが、1868年7月4日(慶応4年5月15日)の上野戦争や太平洋戦争の戦火で主要な伽藍が焼失した。上野公園の大部分は寛永寺のの境内であった。
　現存する伽藍としては、根本中堂(本堂)，書院，旧本坊表門，清水観音堂，弁天堂，旧寛永寺五重塔，時の鐘，大仏山パゴダ，上野大仏，東照宮(東照宮は【S-TK001】を参照)がある。
　現在の根本中堂は、寛永寺の子院･大慈院のあった敷地に、1879(明治12)年に川越喜多院の本地堂を移築したもので、寛永寺本来の建物ではない。内陣には厨子内に秘仏本尊薬師三尊像を安置し、2025(令和7)年には手塚雄二画伯により描かれた｢叡嶽双龍」が天井絵として奉納されている。本堂裏手には、大政奉還後、徳川慶喜が2ヶ月ほど蟄居していた書院である。
　旧本坊表門(通称黒門)は寛永年間の建造物で、もとは博物館正門の位置にあったが現在は輪王寺にある。
　清水観音堂は1631(寛永8)年の建築で、千手観音を祀る。当初は摺鉢山古墳の位置にあったが、中堂建立に伴い現在地に移築された。規模は小さいとはいえ、京都の清水寺本堂と同様の懸造建築である。
　弁天堂は上野公園南側にある不忍池の弁天島(中之島)に、天海が竹生島の宝厳寺の弁才天を勧請して建立。島は常陸下館藩主･水谷勝隆が築いたもので、当初は橋がなく舟で参詣していた。当初の建物は入母屋造であったが、1945(昭和20)年3月10日の東京大空襲で焼失し、1958(昭和33)年9月に鉄筋コンクリート造の八角堂として再建された。
　旧寛永寺五重塔は1631(寛永8)年建立の初代の塔が1639(寛永16)年に焼失した後、同年ただちに下総古河城主･土井利勝によって再建された。塔は1958(昭和33)年に寺が東京都に寄付したため、名称に｢旧｣をつけている。塔の初重に安置されていた釈迦如来，薬師如来，弥勒菩薩，阿弥陀如来の四仏は、東京国立博物館に寄託されている。
　時の鐘は精養軒の近くにある鐘楼で、鐘は1787(天明7)年の作とされる。その近くの大仏山パゴダには上野東照宮本地堂(神仏分離の際に破壊)の本尊であった江戸時代初期の薬師三尊像が祀られている。1967(昭和42)年に建立されている。また、同所には、堀直寄の寄進で1631(寛永8)年に造られた最初の大仏の顔の部分のみが保存されている。
　寛永寺墓地の徳川家霊廟には徳川将軍6人が眠っている。厳有院(家綱)霊廟と常憲院(綱吉)霊廟の建築物群は、貴重な歴史的建造物であったが、東京大空襲で大部分を焼失し、厳有院霊廟勅額門，常憲院霊廟勅額門とそれぞれの水盤舎，奥院唐門，奥院宝塔のみが現存し、重要文化財に指定されている。また、墓地には渋沢家霊堂もある。