寺伝によれば、1339(暦応2)年に足利尊氏の命令で高師氏が三河国日近郷に八幡社とともに寺院を建立したのが始まりとされる。当初は深恩院總持寺と号する真言宗の寺であったが、延文年間(1356～60年)に深恩院と總持寺は分離され、本尊なども總持寺に移されたうえ現在の岡崎に移転したため、日近郷に残った深恩院はやがて廃退した。
　1478(文明10)年、奥平貞昌が作手の川尻城から日近城に移り、深恩院の跡地に伽藍を建立して曹洞宗の寺として再建した。当初は貞昌の持仏であった延命地蔵菩薩(岡崎市指定)を本尊としたという。
　当寺院裏手には日近城跡と奥平貞昌をはじめとする奥平一族の墓所がある。