1600(慶長5)年、関ヶ原の戦いの後、岩崎城主の丹羽氏次が1万石にて入封し築いた。翌年に氏次が没すると、その子･氏信が遺領を継いだ。氏信は大坂の陣に参戦し、1638(寛永15)年には１万石の加増を受けて美濃国岩村へ転封となり、一時廃藩となった。その後、代官の鳥山牛之助精俊,精明らの管理下となり、1681(天和元)年に陸奥国石川郡浅川より本多忠晴が入り、再び伊保藩が立藩された。
　1705(宝永2)年、本多氏が三河国碧海郡,遠江国榛原郡内において5000石の加増を受け、1710(宝永7)年には遠江国相良城へ移ったことで廃藩となる。
　現在は畑地,住宅に変わっているが、曲輪,土塁,石垣が残されている。また、西に伊保西古城跡,北東に伊保東古城跡、そして東南に伊保古城跡がある。