本光寺にある深溝松平氏の墓所である。大きく西御廟所と東御廟所に分かれている。歴代深溝松平氏の遺体は、島原移封後も本光寺に運ばれて埋葬された。
　西御廟所には、戦国時代に深溝松平家の基礎を築いた初代･松平忠定から4代･家忠と5代･忠利の肖影堂、6代･松平忠房の長男･松平好房の｢孝子廟｣、島原藩主である11代･松平忠恕の廟がある。
　初代･松平忠定は兄の五井城主の松平長勝(元心)に深溝城を譲られ深溝松平家の祖となった(1531年没)。2代･松平好景は1561(永禄4)年の善明堤の戦いで戦死(松平好景戦死の地)。3代･松平伊忠は1575(天正3)年の長篠設楽原の戦いで戦死している(松平伊忠戦死の地)。また、4代･松平家忠のとき、徳川家康の関東移封に従って深溝を離れ、1600(慶長5)年、関ヶ原の戦いの前哨戦である伏見城の戦いで戦死した。家忠は『家忠日記』の著者としても知られる。
　1601(慶長6)年、5代･松平忠利のときに関ヶ原の戦功により父祖の旧領深溝に1万石の大名として再び戻った。忠利の廟所は肖影堂として残されている(1632年没)。島原藩初代藩主となった6代･松平忠房の長男で夭逝(1669年･享年21)した松平好房の｢孝子廟｣は、忠房夫婦の吉田神道崇敬により神殿型の墓標であり、以後、歴代当主の墓標形式となった。また、島原藩主のうち11代･松平忠恕の廟だけが西御廟所にある。忠恕は一時期、宇都宮藩へ移封となるが再び島原藩へ戻されると｢島原大変(普賢岳激震と大崩落)｣が発生し、被災地巡視など心労が重なり過労死したとされる(1792年没)。
　1669(寛文9)年、6代･松平忠房のとき6万5900石で肥前国島原の初代藩主となった。忠房の室･永春院の逝去(1686年)を契機に新たに東廟所が造営された。全体を石垣と築地塀が囲み、正面に薬医門が建つ。東御廟所には、永春院のほか、11代を除く6代･松平忠房から18代･松平忠和(以上、島原藩主)と1934(昭和9)年に亡くなった19代･松平忠諒の神殿型標墓が並んでいる。