築城年は定かではないが、1338(暦応元)年に美濃国石津郡の地頭職を賜った氏家重国が館を構え、これを高須城の前身とする説がある。1522(大永2)年には大橋源左衛門重一が築き、以降、信重，重長と続く。大橋氏は後に勝幡城の織田信秀に属し、天文年間(1532〜55年)以降は、高津直幸，平野長治，秋山信純など多くの城主が入れ替わった。
　1592(文禄元)年、高須城主･高木盛兼は1万石を領して居城していたが、1600(慶長5)年の関ヶ原合戦では石田三成方の西軍に与したため、福島正則に属した松ノ木城主･徳永寿昌，今尾城主･市橋長勝の攻撃を受け落城し、船で縁者の高木正家が守る津屋城へ、さらに正家ともども大垣城に退却した。逃亡した。戦功により徳永寿昌が2万石を加増され5万600石にて入封、美濃高須を立藩し、城郭を修築した。
　しかし、1627(寛永4)年、寿昌の嫡子･昌重が大坂城石垣築城工事に懈怠があったとして改易となり、徳永家の治世は29年間で終わった。
　その後、幕府直轄領を経て、1640(寛永17)年に下総国関宿から小笠原貞信が入封し立藩したが、木曽三川による水害に悩まされ、貞信は1691(元禄4)年には所替えを願い出て、越前勝山へと転封となり、再び幕府直轄となった。
　1700(元禄13)年、尾張藩2代藩主･徳川光友の次男･松平義行は、信濃伊那郡にこの地を加え3万石を領して立藩し、尾張藩の支藩として明治まで続いた。
高須藩は、本家尾張藩主家に後継ぎが絶えたときの相続人を出す家柄で、徳川義恕(慶勝)，徳川義比(茂栄)，徳川義宣(徳成)の3人が尾張藩主となっている。このほか、陸奥若松藩主･松平容敬，容保、石見浜田藩主･松平武成、伊勢桑名藩主･松平定敬も高須藩から出ている。
　城域は明確ではないが、松平氏の時代には、居館は大江川の南岸ほとりにあり、海津明誠高校や海津小学校には諸役所，武家屋敷が並んでいたという。海津小学校の北の城跡公園と、小学校北東の殿町ポケットパークに案内板が設置されている。